La diferencia entre perjuicio y prejuicio radica en el cambio lingüístico que se produce en el prefijo para referirse a perjuicio como un daño que conlleva a una intervención judicial, mientras que prejuicio hace referencia a un daño moral provocado por el prejuzgamiento de otro.
Prejuicio es el juicio previo que se tiene de una persona. Este prejuzgar suele provocar daños personales o morales a la persona afectada. Se compone del prefijo pre- que se refiere a algo previo.
Perjuicio se compone del prefijo per-, que se refiere a una acción completa. En este caso, el perjuicio es una acción que provoca un daño profundo que suele exigir un juicio.
Hoy en día se usa la palabra prejuicio para referirse al juicio previo que una o varias personas tienen sobre otra persona o grupo provocado por estereotipos que pueden llegar a la discriminación y al racismo; y perjuicio para referirse a un daño comprobable y visible de una persona o grupo a otra persona o grupo.
Perjuicio y prejuicio derivan ambos de la palabra latina praeiudicium, que representa el primer juicio o interrogatorio antes de un juicio, o sea, un pre-juicio.
El cambio en los prefijos de las palabras prejuicio y perjuicio comienza a ser observado cuando los los romanos Cicerón y Séneca empiezan a usar praeiudicium no solo para referirse al juicio previo de un daño material, sino al daño moral del presuponer o de la presunción de un delito a alguien dañando su posición social.